申扎自然保护区正处于羌塘内流区南部大湖密集的宽广湖盆地带，众多湖泊均为发育于冈底斯山北麓断陷带内的构造湖；面积4万平方公里，区内的格仁错水域面积476平方公里，水面高程4650米。因位置偏南，海拔稍低于羌塘高原中北部，气温稍高，有少量农田可种植青稞作物；年降水量300毫米，但受到冈底斯山顶冰川与积雪融化的补给，湖水矿化度低，适于水生生物与水禽生长和繁衍，尤其是低洼湖区内广泛分布着大蒿草等组成的沼泽草甸滩地，加上巴汝藏布、永珠藏布等内流河，使这里发育着良好的内陆湿地和水域生态系统，并成为国家一级保护动物黑颈鹤的理想栖息环境，是国内现有7个黑颈鹤保护区中海拔最高、面积最大者。
　　申扎自然风景区是鸟的乐园，生活在这里的鸟类有120多种，各种鸟类在这里翩翩起舞，争奇斗艳，景象异常壮观。